Uma importante fase é a colheita que, se não for realizada em período adequado, com o fruto plenamente maduro, pode representar perda de até 30% da safra. A falta de uniformidade na maturação dos frutos é uma das principais dificuldades. As plantas podem ter maturação precoce, média ou tardia, por isso, a colheita deve começar pelas que apresentam 80% de frutos maduros.
O café retirado ainda verde prejudica não só a qualidade, mas também o rendimento do produto e acarreta prejuízo na comercialização da safra. Quantidades excessivas de frutos verdes prejudicam a classificação por tipo, peso do grão, rendimento, qualidade da bebida, valor do produto e desgaste da planta.
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Três medidas ajudam o produtor a evitar prejuízos. A colheita na época certa impede a exposição à praga e a adoção de técnica adequada assegura a produtividade. A retirada de todos os frutos do cafeeiro beneficia a safra seguinte, uma vez que reduz a população da broca (praga comum em cafezais), que se alimenta exclusivamente de café.
A retirada manual dos frutos, com o apoio de um pano estendido debaixo do cafeeiro, impede o contato dos grãos com o solo e ajuda a diminuir a infestação da broca. Já a secagem deve ser feita em terreiros ou secadores apropriados. Deixar o grão em sacas ou amontoado em ambiente úmido favorece a fermentação e compromete, tanto a qualidade da bebida, quanto seu valor comercial. Para o transporte, são recomendadas sacas de aninhagem (pano de juta) e não de plástico.
