Os pontos mais polêmicos do relatório são os que tratam das Áreas de Proteção Permanente. Aldo Rebelo manteve no texto a redução de 30 metros para 15 metros da APP na beira de rios entre 5 metros e dez metros de largura. E, segundo Ivan Valente, apesar de ter sido retirada do relatório a possibilidade de os estados reduzirem essa área pela metade mais uma vez, passando para 7,5 metros, manteve a autonomia dos estados nas questões de planos de bacias.
? A proteção de nascentes e lagos artificiais não é avanço e não é passível de qualquer acordo ? disse.
O relatório prevê ainda que, em caso de desmatamento ilegal, o dono da terra, além da obrigação de recompor a vegetação, responda às sanções administrativas, civis e penais cabíveis. A possibilidade de a compensação da área desmatada ser feita em outro estado, mas ainda dentro do bioma também está prevista no texto. A ideia é permitir que donos de terras em São Paulo, por exemplo, possam fazer a compensação em outro estado, mas ainda dentro da Mata Atlântica.
? Procurei não prejudicar os agricultores que usavam a área antes da atual legislação entrar em vigor ? disse o relator.