A prorrogação do reforço estava prevista nos avisos ministeriais assinados pelo ministro Mendes Ribeiro Filho nos dias 27 e 29 de setembro. Desde então, o Ministério da Defesa oferece apoio de logística, inteligência, comando e controle para que o corpo técnico do Ministério da Agricultura, em Brasília, mantenha contato direto com as equipes de campo da região. Para esta segunda fase, o efetivo militar a ser empregado deverá ser reduzido, pois a necessidade de apoio ficará restrita às barreiras volantes, conforme programa acertado pelas assessorias técnicas dos dois ministérios.
O foco de febre aftosa no Paraguai foi notificado no dia 19 de setembro e, desde então, foram investidos R$ 3,8 milhões na operação militar instalada em Mato Grosso do Sul e no Paraná pelo Ministério da Agricultura. Segundo informações da assessoria de imprensa do órgão, outros R$ 450 mil foram gastos com diárias de fiscais federais agropecuários, técnicos e policiais militares envolvidos nas atividades nos quatro Estados, além dos recursos aplicados pelos governos estaduais no incremento das medidas de fiscalização na fronteira internacional.