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O incêndio ocasionou a poluição das águas dos estuários e impactos ambientais, como a mortandade de peixes, de crustáceos e de répteis, conforme conclusão das análises de laboratório, que atestou que a calda formada pela queima do açúcar e as baixas concentrações de oxigênio na água foram as responsáveis pela morte dos organismos aquáticos.
Além da penalidade imposta pela Cetesb, também foram feitas exigências que devem ser cumpridas de imediato pela Copersucar, como a limpeza das galerias contaminadas com resíduos de açúcar e adequação dos sistemas de drenagens e recolhimento de águas contaminadas pelo açúcar.