Na terça, dia 12, os dois ministros tiveram um encontro sem a presença do presidente Lula para conversar sobre as discordâncias acerca do plano. Os militares questionam a criação da Comissão da Verdade que tem o propósito de esclarecer violações aos direitos humanos cometidas durante a ditadura militar.
Os militares interpretaram que o texto limita a atuação da comissão aos fatos e personagens envolvidos apenas na repressão militar durante a ditadura (1964 a 1985). Eles entendem também que a medida abre brechas para a revisão da Lei da Anistia. O descontentamento teria levado Jobim e os comandantes do Exército, da Marinha e da Aeronáutica a apresentarem a Lula pedido conjunto de desligamento.
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Houve reação do ministro Paulo Vannuchi sobre a possibilidade de mudanças no texto do plano. De acordo com ele, a criação da Comissão da Verdade não seria um ato contra as Forças Armadas. Ao defender a apuração de fatos ocorridos durante a ditadura militar, o ministro argumentou que não há motivos para divergências entre a área de direitos humanos do governo e a pasta da Defesa. Várias entidades da sociedade civil se manifestaram a apoio a Vannuchi e às diretrizes do plano.
