O desmonte do GTE, área de excelência da estatal, foi denunciado pelo jornalista Rodrigo Lara Mesquita em artigo assinado na seção Espaço Aberto, na edição do jornal O Estado de S. Paulo de terça, dia 15. De acordo com ele, a equipe do centro desenvolveu sistemas inéditos, baseados no uso de satélites, para realizar desde o monitoramento de queimadas e desmatamentos na Amazônia, até o andamento das obras do Programa de Aceleração do Crescimento (PAC) em todo o país.
Em nota, a Embrapa confirmou reestruturação em suas unidades, mas negou o desmonte do serviço de gestão territorial estratégico. Em resposta à manifestação da Embrapa em defesa do diretor do CMS, Mesquita lembrou que o esvaziamento do GTE escandalizou até os responsáveis pela coordenação do PAC, em visita à unidade em março de 2010.
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Relatórios encaminhados ao Ministério do Planejamento e à Casa Civil apontaram as dificuldades que o núcleo enfrentava e levaram o Ministério do Planejamento e a coordenação do PAC a considerar a unidade incapaz de receber os R$ 6 milhões previstos na Lei de Diretrizes Orçamentárias (LDO).
O boletim da Embrapa torna efetiva a dispensa de Claudio Spadotto que, segundo o documento, ocorreu no dia 7. Spadotto, que está em férias, ficou surpreso com a destituição, já que o ministro afirmara, no dia anterior, que nenhuma medida fosse tomada sem que fosse consultado.
