A estiagem no final de fevereiro foi favorável para o bom desenvolvimento das lavouras de algodão, uma vez que o solo da região (no geral) estava bastante úmido. A partir de abril, as chuvas causaram o apodrecimento das maçãs (baixeiro).
Na primeira estimativa de safra divulgada pela Aiba, em outubro de 2008, a produtividade média foi estimada em 260 arrobas por hectare, com área de 282,1 mil hectares de plantio. Na segunda estimativa de safra realizada em janeiro de 2009, os números foram mantidos, porém com destaque no atraso no plantio.
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A situação registrada hoje é bastante diferente. A produtividade média estimada até esta data foi reduzida para 235 arrobas por hectare. A área cultivada com a cultura de algodão também foi reduzida para 277,8 mil hectares, devido principalmente à desistência de certos produtores em função das dificuldades registradas no plantio pelo excesso de chuvas.
A produção baiana de algodão está estimada em 1,093 milhão de toneladas, com queda de 21%. A produtividade recuou 13%, ficando em 235 arrobas por hectare. O valor bruto da produção (VBP) totalizou R$ 1,191 bilhão, com queda de 13,9%.
