Uma das mudanças na MP feitas pelo relator, deputado Júnior Coimbra (PMDB-TO), foi a reabertura de prazos para a liquidação com desconto de dívidas rurais contraídas com recursos do Fundo Constitucional do Nordeste (FNE). O prazo, que tinha acabado em 2011, passa a ser 29 de março de 2013. O texto também suspende as execuções judiciais das dívidas que não foram pagas depois do prazo antes extinto.
Coimbra também autoriza a individualização de operações de crédito rural do Programa Nacional de Fortalecimento da Agricultura Familiar (Pronaf) por um período adicional de cinco anos (contratos feitos entre 2006 e 2011), além de aumentar o montante de custos do processo de individualização que poderão ser incluídos no novo financiamento. A incorporação passará de 5% para 15% em contratos no âmbito do programa Banco da Terra.
Café
A venda de café não torrado contará com a suspensão do PIS/Pasep e da Cofins, exceto se ocorrer para o consumidor final. Os produtores que exportarem o café sem torrá-lo terão direito a descontar desses tributos um crédito presumido equivalente a 10% das alíquotas.
Já as torrefadoras sujeitas ao regime não cumulativo poderão descontar do tributo a pagar um crédito correspondente a 80% das alíquotas. O produto comprado deverá ser usado para produzir café torrado ou extratos, essências e concentrados de café.
O crédito presumido obtido poderá ser usado nos meses subsequentes e, a cada trimestre, também poderá ser utilizado para compensar débitos de outros tributos caso tenha sobrado no desconto do PIS/Pasep e da Cofins. Com as mudanças, os produtores perdem o crédito presumido de 35% das alíquotas a que têm direito atualmente.