De acordo com o protocolo, o país que enfrentar uma emergência ou ameaça ambiental deve comunicá-la imediatamente aos outros Estados-Membros, para prevenir, inclusive, que chegue aos seus territórios. Os países potencialmente afetados, conforme o acordo, devem designar especialistas, que farão um parecer do ocorrido com possíveis soluções para os problemas.
As formas de cooperação envolvem, entre outras, capacitação de recursos humanos; incorporação ao Sistema de Informações Ambientais do Mercosul de estatísticas sobre situações de emergências ambientais produzidas na região; e criação de um banco de especialistas.
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Para o país que necessite da assistência, há um formulário a ser preenchido com informações como data, hora e local do incidente. Deve ser informado ainda se ocorreu em uma zona urbana ou rural; qual o tipo de acidente; e se ainda está ocorrendo ou é uma ameaça.
