O cálculo dos valores será feito com base na diferença já apurada entre o valor da primeira parcela da dívida renegociada com a Procuradoria-Geral da Fazenda Nacional e o valor da receita líquida média da propriedade por hectare. Essa é mais uma rodada de negociações que vem ocorrendo desde 2008 e foram objeto de outras duas portarias. As novas regras vão levar em conta também o critério estabelecido pela Companhia Nacional do Abastecimento (Conab), que baseia o número de hectares aptos para o cultivo vegetal ou criação animal.
Haverá diferenciação também para as áreas destinadas a reserva ambiental ou preservação permanente que tomará por base informações registradas na declaração do Imposto Territorial Rural (ITR) de 2009 pago pelo imóvel financiado pelo Prodecer 2.
A portaria interministerial é assinada pelos ministérios da Fazenda (MF), da Agricultura Pecuária e Abastecimento (Mapa) e do Desenvolvimento Agrário (MDA).