Em 2009, o Ministério apoiou a comercialização de 6,3 milhões de toneladas de milho do estado. Os produtores mato-grossenses do cereal reclamam, desde o meio do ano, dos preços vigentes na região, abaixo do valor mínimo de garantia estabelecido pelo governo, e também da falta de locais para estocar o produto.
O Pepro garante ao agricultor a venda de seu produto pelo preço mínimo de garantia. Para isso, o governo paga a diferença entre o preço de mercado e o preço mínimo, caso o primeiro seja inferior. A subvenção é paga diretamente ao produtor, que deve participar do leilão e também se responsabilizar pela documentação comprovando a operação.
Além dos leilões, a pasta liberou R$ 80 milhões para a Aquisição do Governo Federal (AGF) do milho de produtores que já depositaram o cereal em armazéns credenciados pela Conab. A operação garante mais 316 mil toneladas de milho para os estoques públicos do governo federal.