O comitê gestor da PNGati ficará responsável pela coordenação da execução da política indígena e será integrado por oito representantes governamentais e oito representantes indígenas, definidos na segunda, dia 22, pela Portaria Interministerial nº 1.701.
O governo contará com dois representantes da Fundação Nacional do Índio (Funai) – um da Diretoria de Promoção ao Desenvolvimento Sustentável e um da Diretoria de Proteção Territorial; e seis dos ministérios: um da Justiça; dois do Meio Ambiente; um do Desenvolvimento Agrário; um do Desenvolvimento Social e Combate à Fome; e um da Saúde.
Os oito representantes indígenas são membros da Articulação dos Povos Indígenas do Brasil (Apib), sendo um representante nacional e sete de organizações regionais que integram a Apib: um da Articulação dos Povos Indígenas do Nordeste, Minas Gerais e Espírito Santo (Apoinme), um da Indígenas do Pantanal e Região (Arpipan), um da Articulação dos Povos Indígenas do Sul (Arpinsul), um representante da Articulação dos Povos Indígenas do Sudeste (Arpinsudeste), dois da Coordenação das Organizações Indígenas da Amazônia Brasileira (Coiab), e um da Grande Assembléia do Povo Guarani (Aty Guassú).