Entre as diretrizes da Pnatre, estão o fomento à formalização e ao aprimoramento das relações de trabalho, o aperfeiçoamento das políticas de saúde, habitação, Previdência e segurança, o fortalecimento dos programas destinados à educação e a capacitação profissional dos empregados rurais.
A política busca reinserir trabalhadores rurais empregados que perderam seus postos de trabalho, gerando novas oportunidades de renda, assim como intensificar a fiscalização das relações de trabalho rural e minimizar os impactos das novas tecnologias na redução do emprego. O decreto também prevê a promoção da alfabetização, escolarização, qualificação e requalificação profissional desses trabalhadores e o combate ao trabalho infantil.
Junto com o Pnatre, fica instituída a Comissão Nacional dos Trabalhadores Rurais Empregados (Cnatre), coordenada pelo Ministério do Trabalho e Emprego e composta por 11 representantes do governo e até cinco da sociedade civil e seus suplentes. A comissão tem o prazo de 60 dias para ser instalada e deverá articular e promover o diálogo entre entidades e órgãos públicos e sociedade civil, além de estabelecer outras diretrizes e objetivos da Pnatre e aprovar os planos de trabalho.