Uma das atualizações presentes na nova instrução é o reordenamento de informações relacionadas à produção orgânica animal. Os dados foram reorganizados para facilitar o entendimento das normas. Outra mudança foi a inclusão de substâncias permitidas para uso nos sistemas orgânicos de produção. As demandas foram solicitadas pelas comisssões estaduais. Depois de passarem por consulta pública, foram autorizadas.
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Os alimentos orgânicos são produzidos baseados em princípios agroecológicos que contemplam o uso responsável do solo, da água, do ar e dos demais recursos naturais. Na agricultura orgânica, não é permitido o uso de substâncias que coloquem em risco a saúde humana e o meio ambiente. Desde 1º de janeiro de 2011, todos os produtos comercializados como orgânicos devem conter o selo do Sistema Brasileiro de Conformidade Orgânica.