As pragas quarentenárias presentes afetam o trânsito interestadual de vegetais e seus produtos, controlado pela certificação fitossanitária de origem e permissão de trânsito de vegetais. Com base na lista, o Departamento de Sanidade Vegetal (DSV) da Secretaria de Defesa Agropecuária (SDA) poderá aplicar medidas fitossanitárias de prevenção, controle, erradicação e monitoramento de plantas e seus produtos.
A lista de pragas quarentenárias ausentes subsidia a política do ministério para prevenção e erradicação de pragas e, portanto, deve ser revisada periodicamente. A instrução normativa excluiu dessa relação algumas pragas, que foram identificadas no país. Dentre elas estão a lagarta Helicoverpa armigera, o ácaro Raoiella indica e a praga Maconellicoccus hirsutus, também conhecida como cochonilha rosada.
De acordo com a Instrução Normativa 52, de 20 de novembro de 2007, a detecção de praga quarentenária ausente ou outra praga exótica, deve ser notificada ao Ministério da Agricultura e às instâncias intermediárias do Sistema Unificado de Atenção à Sanidade Agropecuária, responsáveis pela vigilância fitossanitária na realização dos levantamentos para detecção, delimitação e monitoramento de pragas quarentenárias presentes, como é o caso da lagarta Helicoverpa que tem atacado lavouras de vários estados brasileiros. A Bahia, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Goiás, Minas Gerais e Piauí já tiveram emergência fitossanitária decretada.
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A relação das pragas quarentenárias ausentes ampara a vigilância agropecuária internacional na fiscalização das mercadorias que chegam ao Brasil pelos portos de fronteira, portos e aeroportos. Pelas normas de trânsito internacional, uma mercadoria infestada por praga quarentenária pode ser impedida de entrar no país e, dependendo do caso, o comércio daquele produto entre os países pode ser suspenso.
