Também neste período, foram desenvolvidos os programas nacionais de Controle do Bicudo-do-Algodoeiro e da Ferrugem Asiática da Soja. A lagarta das maçãs (Cydia pomonella) foi erradicada no município de Bom Jesus e contida em Caxias do Sul e Vacaria, no Rio Grande do Sul, e em Lages, Santa Catarina.
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Outras ações foram executadas para erradicar o greening (doença que afeta frutas cítricas) e o cancro da videira (bactéria que prejudica as folhas e a qualidade das uvas), para prevenir e controlar a traça da bananeira e a sigatoka negra, que atinge o crescimento e a produtividade da banana. Também é exercida a vigilância da monilíase do cacaueiro nas áreas de fronteira do Brasil com a Venezuela, a Colômbia e o Peru, onde ocorre a praga.
