O Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio) será responsável pelo Parque Nacional da Tijuca e pelo Monumento Natural das Ilhas Cagarras. O Instituto Estadual do Ambiente da Secretaria do Ambiente do Rio de Janeiro administrará o Parque Estadual da Pedra Branca, a Área de Proteção Ambiental de Gericinó/Mendanha, a Área de Proteção Ambiental de Sepetiba II e a Reserva Biológica e Arqueológica de Guaratiba.
A Secretaria Municipal de Meio Ambiente da cidade do Rio de Janeiro ficará com a gestão de 14 parques naturais municipais, de duas áreas de proteção ambiental (dos Morros da Babilônia e São João; e dos Morros do Leme e Urubu) e também pelo Monumento Natural dos Morros do Pão de Açúcar e da Urca.
O Mosaico Carioca vai ter um Conselho Consultivo, com chefes, administradores ou gestores das áreas preservadas, além de representantes do Instituto de Pesquisas Jardim Botânico, do Conselho Municipal de Política Urbana do Rio de Janeiro, do Conselho do Meio Ambiente da cidade do Rio de Janeiro e de vários setores privados.
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Ao Conselho será atribuída a elaboração do regimento interno e a deliberação de diretrizes e ações para compatibilizar, integrar e otimizar as atividades desenvolvidas em cada unidade de conservação, levando em conta os usos na fronteira, entre elas, o acesso às unidades, a fiscalização e o monitoramento e avaliação dos Planos de Manejo.
O Conselho Consultivo também deverá avaliar a pesquisa científica e a alocação de recursos provenientes da compensação referente ao licenciamento ambiental de empreendimentos com significativo impacto ambiental, bem como a situação da população que vive nas áreas abrangidas pelo Mosaico.
