Porém, como sempre existe o risco de que esses insetos desenvolvam a sua própria resistência, a Comissão Técnica Nacional de Biossegurança (CTNBio) exigiu a implantação de áreas de refúgio ? parte da lavoura com milho convencional ? onde será plantado o milho Bt para evitar o desenvolvimento de resistência das pragas e problemas no futuro.
O refúgio deve ter de pelo menos 10% da área total da lavoura transgênica e ficar próximo a ela. O objetivo com isso é que lagartas comuns ataquem esse espaço e acasalem com as lagartas da lavoura transgênica que desenvolveram resistência à planta geneticamente modificada. Assim, as gerações dessa praga nunca terão resistência total, o que anularia o novo milho e exigiria muito dinheiro para combater as espécies mutantes.
A Associação Brasileira de Produtores de Sementes e Mudas (Abrasem) ficou encarregada de orientar os produtores e controlar as áreas de refúgio. Somente uma multinacional deve oferecer as sementes de milho Bt para a safra de verão, mas outros fabricantes devem entrar no mercado até o final de 2009. O Brasil tem hoje entre sete e oito milhões de hectares de lavouras de milho, muitas com sementes transgênicas.