O Funcafé repassa os recursos de acordo com as regras do Conselho Monetário Nacional (CMN). O Fundo é administrado pelo Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, com recursos destinados ao financiamento do custeio, estocagem, comercialização e aquisição de café e recuperação de cafezais danificados, entre outras.
Os recursos também são direcionados à promoção do café brasileiro nos mercados interno e externo e para apoiar eventos do setor.