Logo depois das eleições, em novembro, “Pepe” Lobo passou a costurar uma série de acordos para reconquistar a confiança internacional. Manteve acordo com os presidentes dos países vizinhos e participou de todas as reuniões comandas por interlocutores do presidente dos Estados Unidos, Barack Obama, em busca de uma solução para o fim do impasse.
Também foi responsável pelas articulações na tentativa de elaborar um decreto de anistia para perdoar os envolvidos no golpe de Estado e em busca de um acordo para permitir a saída de Zelaya do país, sem riscos. Desde setembro de 2009, o presidente deposto está abrigado na Embaixada do Brasil em Tegucigalpa (capital hondurenha).
Os golpistas alegaram que Zelaya queria transgredir a Constituição, ao tentar modificá-la em benefício próprio. Com isso, ocorreu o golpe de Estado. Houve reações internas e externas à ação. Internamente, inúmeros protestos tomaram conta das principais cidades de Honduras. Externamente, vários países se manifestaram contrariamente à ação golpista. Uma das posição mais críticas foi do governo do Brasil.
Honduras é um país com pouco mais de 7 milhões de habitantes, cuja economia é baseada na agricultura, na criação de camarões, na produção de zinco e na extração de madeira. Nas relações bilaterais, o país mantém uma dependência em relação as Estados Unidos. Só para o mercado norte-americano, os hondurenhos exportam 69% da sua produção e importam cerca de 55%.