O SNPC concede o Certificado de Proteção de Cultivar, reconhecendo a propriedade intelectual sobre as plantas. Além disso, assegura o livre exercício do direito de propriedade intelectual dos melhoristas e defende o interesse nacional no campo da proteção de novas cultivares obtidas.
Desde 1997, a Lei de Proteção de Cultivares estimula investimentos para obtenção de novas variedades e impede a produção e comercialização, em todo o território brasileiro, de material de propagação ilegal de vegetais protegidos.