Sobre a questão da reserva legal, a atual lei exige 80% de área reservada de floresta na Amazônia, 35% de cerrado e 20% nas demais regiões do país. O projeto de reforma do Código Florestal propõe que pequenas propriedades, com até quatro módulos fiscais, fiquem isentas de conservar reserva legal. A regularização pode ser feita recompondo a vegetação com espécies naturais e exóticas na propriedade ou até mesmo em outras áreas, desde que estejam no mesmo bioma. Além disso, as áreas de preservação permanente da propriedade podem ser contabilizadas como reserva legal.
Quanto às áreas consolidadas, os partidos da oposição e alguns da base governista querem aprovar uma emenda ao substitutivo. O objetivo é garantir que culturas já consolidadas, plantadas há muitos anos em áreas de preservação permanente, sejam mantidas. O governo, no entanto, quer limitar esta autorização. A intenção é decidir depois da votação e divulgar por decreto uma lista com as atividades agropecuárias que poderiam ser mantidas nas APPs.
Esta discussão envolve não apenas as margens dos rios, mas também aquelas culturas que existem há muitos anos nas encostas e topos de morro.
Para a regularização ambiental, de acordo com o texto de Rebelo, a União e os Estados são responsáveis pela criação dos programas para essa regularização. Os proprietários tem prazo de um ano para aderir e assinar um termo de adesão e compromisso. Neste período de adequação, ficam suspensas as multas e punições para quem mudou a vegetação antes de 22 de julho de 2008.
Outro ponto polêmico é a emenda que vai ser apresentada pelos deputados. Ela propõe que cada Estado possa definir sozinho o seu programa de regularização ambiental.