Todos os proprietários devem declarar, mesmo os que estão imunes ou isentos. São considerados imunes ao Imposto Territorial Rural proprietários das áreas definidas como pequenas glebas rurais (menores de 100 hectares nas regiões da Amazônia Ocidental ? Acre, Amazonas, Rondônia e Roraima ? e do Pantanal de Mato Grosso e Mato Grosso do Sul; menores de 50 hectares na chamada Amazônia Oriental ? Amapá, Maranhão, Pará, Tocantins e Mato Grosso, exceto Pantanal ? e no conhecido Polígono das Secas ? Alagoas, Bahia, Ceará, Minas Gerais, Paraíba, Pernambuco, Piauí, Rio Grande do Norte e Sergipe; e de menos de 30 hectares em qualquer outra localidade).
São imunes também, de acordo com a Receita Federal, os imóveis rurais da União, Estados, Distrito Federal e municípios, de autarquias e fundações instituídas pelo Poder Público, e imóveis rurais pertencentes a instituições sem fins lucrativos ligadas às áreas de educação e assistência social. Áreas tradicionalmente ocupadas por etnias indígenas também são imunes.
Estão isentos do ITR os assentamentos da reforma agrária, desde que tenham titulação em nome coletivo; sejam explorados por associação ou cooperativa de produção; cujo proprietário não tenha outro imóvel; e cuja fração por família não ultrapasse as condições e medidas que as definem como pequenas glebas rurais.
Conjuntos de imóveis rurais de um mesmo proprietário, não-caracterizado como assentamento e que esteja dentro dos limites de pequena gleba também são isentos do ITR, desde que atendam as seguintes condições: que o proprietário não tenha imóvel urbano e que seja explorado pelo contribuinte e sua família, com ajuda eventual de terceiros.
Outro detalhe que merece atenção do proprietário de imóveis rurais é o que se refere à áreas não-tributáveis. De acordo com a Receita Federal, elas compreendem locais de preservação permanente, reserva legal, Reserva Particular de Patrimônio Natural (RPPN) e áreas de interesse ecológico.
Proprietários rurais que estiverem enquadrados nestas condições devem fazer as declarações junto ao Instituto Brasileiro de Meio Ambiente e Recursos Naturais Renováveis (Ibama) e obter o Ato Declaratório Ambiental (ADA). O protocolo referente ao documento emitido pelo Ibama deve ser incluído na declaração do Imposto Territorial Rural (ITR). Quem não apresentar o ADA não poderá ter área isenta de ITR.
Devedores do ITR podem efetuar o pagamento do tributo de duas formas: a primeira é pelo Documento de Arrecadação de Receitas Federais (Darf), o que pode ser feito na rede bancária. A quitação pode ser feita à vista ou em até quatro cotas.
A segunda é com Títulos da Dívida Agrária (TDA) escriturais, ou seja, custodiados em instituição financeira, que podem ser usados para quitar até metade do valor devido. A quitação é feita a partir de preenchimento de formulário que pode ser obtido pela internet no site da Receita Federal, ou nas unidades da Receita.
Quem não entregar a declaração do ITR está sujeito a multa de 1% ao mês sobre o tributo devido mais juros e correção monetária, com valor mínimo de R$ 50. Para os isentos, a multa é de R$ 50.