Auditores do TCU consideraram ilegais os convênios assinados entre a Anara e o Incra. Os três convênios foram celebrados entre abril de 2004 e abril de 2005, quando houve a primeira invasão promovida pelo Movimento de Libertação dos Sem Terra ao prédio do Ministério da Fazenda. Em 2006, integrantes do MLST invadiram a Câmara dos Deputados. A ação foi comandada por Bruno Maranhão, líder do grupo e na época coordenador da Anara.
De acordo com o parecer do TCU, os danos causados aos cofres públicos pelas invasões chegam a aproximadamente R$ 6 milhões. O procurador Marinus Marsico, autor do parecer sobre o caso, afirma que houve erro por parte do Incra na gestão dos recursos destes convênios, que apresentam falhas de fiscalização e execução.
O parecer, que já foi encaminhado para apreciação do ministro do TCU Aroldo Cedraz, também pede a rejeição da defesa apresentada pela Anara e solicita a defesa de Bruno Maranhão. O líder do MLST deve ser ouvido como gestor dos recursos que recebeu, por meio dos convênios. Após o prazo para a defesa, aproximadamente 15 dias, o processo deve ser incluído na pauta do TCU para ser julgado.
Sobre o convênio com a Anara, o Incra afirma que o repasse de recursos foi suspenso imediatamente após o incidente em Brasília. O instituto pediu ainda a inclusão da Associação Nacional de apoio à Reforma Agrária como inadimplente no Sistema Integrado de Administração Financeira do governo federal e solicitou que a entidade devolva os recursos recebidos.