A avaliação do arroz transgênico no colegiado é cercada de polêmica. No ano passado, durante uma audiência pública organizada para discutir a liberação comercial do arroz geneticamente modificado, produtores e pesquisadores da Embrapa disseram ser contrários à medida. Organizações não-governamentais também são contra a liberação, argumentando que o Brasil seria o primeiro no mundo a comercializar o produto, cujos riscos ainda não estão definidos.
Ao assumir o cargo de presidente do colegiado, este ano, o pesquisador Edilson Paiva afirmou ser favorável à revisão do processo. Uma nova rodada de discussões sobre o assunto foi feita há menos de dois meses. No encontro, a Embrapa, por meio de outro pesquisador, disse não haver problema na liberação do produto.