Silveira afirmou que os produtores não estão questionando o pagamento de R$ 0,44 por semente de soja transgênica e sim a cobrança sobre o total da produção no caso de a produtividade da lavoura ultrapassar 74 sacas por hectare ou produzir sua própria semente.
Outra reclamação da Aprosoja diz respeito à multa de 2% sobre sua produção de soja convencional caso o produtor não consiga evitar a mistura dos grãos transgênicos e não transgênicos dentro do armazém. Para evitar problemas com o pagamento dos royalties, o produtor é obrigado a pedir uma vistoria nos armazéns, para constatar que a soja é convencional.