Três aves tiveram teste positivo para o vírus na fazenda e todos os cerca de 4 mil frangos do local foram sacrificados, disse uma autoridade de Miyazaki.
O governo local também solicitou que fazendas próximas restrinjam os movimentos de sua criação, disse a autoridade.
Acredita-se que não há risco de disseminação do vírus para humanos por meio do consumo de ovos ou carne de frango, acrescentou.
A região de Miyazaki é a maior produtora de frangos de corte do Japão, com criação de cerca de 28 milhões de aves em 1º de fevereiro, ou cerca de 20 por cento de todo frango do país, de acordo com um funcionário do Ministério da Agricultura.
Em abril, o Japão confirmou seu primeiro caso de gripe aviária em uma fazenda desde 2011 na região de Kumamoto, no sudoeste do país.