Os pescadores afirmavam que as obras poderiam causar danos às espécies de peixes existentes no rio Paraná. Por essa razão solicitaram indenizações prévias pelos possíveis danos causados às colônias. Requereram, ainda, que o Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (Ibama) exigisse do DNIT o Estudo de Impacto Ambiental (EIA) e o Relatório de Impacto Ambiental (RIMA). O juízo de primeira instância acatou os argumentos.
Segundo escritório Advocacia-Geral Federal do Paraná, todos os requisitos legais para a preservação do meio ambiente estavam sendo cumpridos, e se ainda assim qualquer dano for verificado, o DNIT responderia ao dever constitucional de repará-lo.
O escritório também argumentou que exigir a expedição de documentos pelo Ibama configuraria desrespeito à Constituição Federal, representando invasão de competências. E explicou que a licença ambiental da hidrovia é baseada em estudo técnico realizado pelo Instituto.