As matérias-primas que seriam usadas para a produção de biodiesel são as sobras da pesca, material que, muitas vezes, é jogado na água ou no lixo, contaminando o ambiente. Com o acordo, o governo federal pretende aumentar o aproveitamento dos recursos pesqueiros e aquícolas, além de possibilitar uma fonte de renda alternativa aos pescadores.
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As vísceras de peixes podem ser uma matéria-prima alternativa para a produção de biodiesel, assim como o sebo de boi que, de material não aproveitado, passou a ser a maior fonte para a produção do biocombustível. A Petrobras já realiza um projeto no Ceará, no qual pesquisa a viabilidade do óleo de peixe na produção de combustível.
