O programa tem por finalidade garantir a sustentabilidade dos sistemas de produção de animais aquáticos e a sanidade da matéria-prima obtida a partir dos cultivos nacionais. A norma foi elaborada para assegurar a prevenção, o controle e a erradicação de doenças nos sistemas de produção de animais aquáticos, contribuir para o aumento da produtividade e, consequentemente, da oferta de pescado para o abastecimento do mercado interno e externo. A Rede Nacional de Laboratórios do Ministério da Pesca e Aquicultura – RENAQUA dará todo o suporte laboratorial necessário para o diagnóstico oficial.
As regras higiênico-sanitárias que devem ser adotadas durante a despesca para que se minimize o prejuízo econômico advindo da condenação do pescado na indústria por contaminação ou má conservação também serão normatizadas pelo programa. Desta forma, servirá ainda como ferramenta de saúde pública para fortalecer os mecanismos de garantia de qualidade do pescado.
A norma servirá como base para a estruturação dos serviços de defesa sanitária de animais aquáticos que implementam nos estados a política pública em sanidade definida pelo MPA.