A Secretaria de Defesa Agropecuária do Ministério da Agricultura informa que o pecuarista deve comprovar aos governos estaduais que comprou a vacina em quantidade compatível com seu rebanho. A medida serve para garantir o controle do cumprimento das metas de vacinação. A escolha da marca comercial da vacina fica a critério do produtor rural. A função do governo é registrá-las e testar 100% dos lotes antes de serem comercializados.
Em situações especiais, o governo adquire a vacina contra febre aftosa, como aconteceu no caso da imunização dos bovinos e bubalinos em regiões de alto risco para a doença, no Amazonas, Amapá e Roraima. Nessa situação específica, a aplicação das doses é feita por fiscais do serviço veterinário oficial, que aproveitam a oportunidade para inspecionar clinicamente os animais, cadastrar e geolocalizar as propriedades rurais. O Ministério ainda doou vacinas para a Bolívia para auxiliar no controle nas regiões de fronteira com o Brasil.
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Atualmente, no país, são comercializadas nove marcas comerciais de vacinas contra febre aftosa das seguintes empresas: Biogenesis, Biovet, Biotecn, Coopers, Inova, Intervet, Merial, Ourofino, Pfizer e Vallèe.
