Na prática, o sistema autoriza os serviços de inspeção dos Estados e municípios a certificarem agroindústrias para comercializar os produtos em outras regiões do país. Desde que foi regulamentado, em 2006, o sistema certificou poucos municípios.
Em muitos casos, o Ministério da Agricultura suspendeu as autorizações porque as empresas não teriam cumprido as exigências. O secretário de Defesa Agropecuária, Inácio Kroetz, diz que a falta de estrutura nos Estados impediu a expansão do programa.
O governo aposta na expansão do sistema em 2010. Dos cinco Estados que solicitaram a adesão, Paraná, Bahia e Minas Gerais devem receber esta semana a autorização para integrar o sistema único de fiscalização.