A responsabilidade da vacinação é dos pecuaristas, que também têm a obrigação de declará-la ao órgão de defesa agropecuária de seus Estados, sob pena de multas. Cada Estado tem duas etapas de vacinação. Uma para todo o rebanho de bovinos e bufalinos e outra somente para animais com idade de até 24 meses.
O rebanho brasileiro é de aproximadamente 200 milhões de cabeças. Atualmente, 15 Estados e o Distrito Federal têm reconhecido pela Organização Mundial de Saúde Animal (OIE), a classificação de livres de febre aftosa com vacinação. São eles os Estados do Acre, Tocantins, Espírito Santo, Paraná, Rio Grande do Sul, Rio de Janeiro, Paraná, de Rondônia, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Sergipe, São Paulo, Minas Gerais, da Bahia e o centro-sul do Pará.
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Santa Catarina é o único Estado que já conquistou a distinção de livre de febre aftosa sem vacinação. A meta do Ministério da Agricultura é que até o final do ano todo o país seja reconhecido como zona livre com vacinação. A partir daí, a intenção é ampliar o número de regiões livres da doença sem vacinação, o que requer mais trabalho porque um estado depende do controle feito por outros nas áreas de fronteira.
Dados do Ministério da Agricultura mostram que a vacinação contra a febre aftosa alcançou, em 2009, mais de 97% do rebanho de todos os estados brasileiros, com exceção de Santa Catarina, com a utilização de 335,8 milhões de vacinas nas duas etapas realizadas.
