Para a área animal, o Plano de defesa Agropecuária traz um programa nacional de erradicação e prevenção da febre aftosa, que pretende acabar com a doença no país até 2020. Amazonas, Roraima e Amapá ainda não conquistaram o status livre de aftosa. Segundo a ministra da Agricultura,Kátia Abreu, cada um deles receberá R$ 2 milhões para controlar a sanidade. O programa nacional de controle e erradicação da brucelose e tuberculose também foi incluído no plano.
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