A pesquisadora da Embrapa Cerrados Silvana Paula Moraes afirma que o manejo incorreto em propriedades que utilizam cultivares Bt pode levar à perda de eficiência da tecnologia. Segundo ela, é indispensável reservar uma área da propriedade para refúgio, onde as lagartas podem se desenvolver em mariposas e realizar cruzamentos, o que diminui problemas de resistência a defensivos. De acordo com a pesquisadora, no cinturão de milho nos Estados Unidos, a tecnologia vem sendo utilizada há 20 anos, com decréscimo de uso de defensivo.
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