Apesar de não estar completamente compreendida a relação glifosato x nutrição de plantas, verifica-se a campo que existem cultivares de soja RR que são mais sensíveis ao herbicida e desenvolvem um sintoma, que a princípio, lembra a deficiência de manganês (Mn). O balanço nutricional da soja RR difere da soja convencional, mas o menor teor de Mn e de outros nutrientes não caracterizam a deficiência nutricional.
A princípio, considerando a interação química, a aplicação conjunta de glifosato e manganês é desaconselhada pelo alto poder complexante do glifosato, possibilitando a precipitação na forma salina de glifosato ligado ao manganês, ou mesmo outros cátions presentes no fertilizante utilizado. Mesmo aquelas fontes tidas com quelatizadas apresentam frações do manganês iônico e isto leva à complexação e redução da eficiência de ação do glifosato.
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Os sintomas presentes em cultivares sensíveis se recuperam naturalmente ao longo de 1 a 2 semanas, sem necessidade de aplicação de produtos foliares. Contudo, em solos mais arenosos e com menor poder tampão, em função do menor teor de manganês no solo, os sintomas podem perdurar por mais tempo
