Porém é premente a destruição das raízes e do talo, denominado soqueira do algodão, para se evitar problemas no cultivo da soja.
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O algodoeiro, diferentemente de outras plantas cultivadas, tem ciclo perene, o que significa dizer que continua vegetando após a frutificação. A manutenção das plantas no campo de cultivo permite que elas produzam novas floradas, e hospedem doenças e pragas como a helicoverpa.
A soqueira do algodão deve ser eliminada imediatamente após a colheita, para evitar que pragas e doenças se reproduzam. E também para que se mantenha um nível populacional capaz de produzir danos para a soja.
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A prática de destruição de soqueira para que tenha eficácia precisa ser adotada pelo conjunto de cotonicultores de uma dada região, pois se executada de forma isolada torna-se ineficaz. Caso alguns agricultores não executem a destruição das soqueiras do algodão, ou o façam tardiamente, estarão propiciando a reprodução de pragas e doenças.
A não observância da prática de destruição dos restos culturais do algodão leva a infestações incontroláveis ou exigem do agricultor inúmeras pulverizações elevando os custos de produção.
Não foi raro encontramos soqueira do algodão no meio da soja com mais de 20 dias após germinação, o que provavelmente vai acarretar vários problemas com doenças e pragas inclusive a helicoverpa.
