Há nematoides comuns aos dois grãos, como é o caso dos nematoides de galhas (Meloidogyne incognita e M. javanica) e das lesões radiculares (Pratylenchus brachyurus). O pesquisador da Embrapa Soja, Waldir Pereira, afirma que em caso de culturas anuais, o controle de nematoides deve ser preventivo. Atualmente, eles reduzem a produção brasileira de soja entre 5 e 10%.
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